Thể chế tự trị giáo đoàn, được chấp nhận rộng rãi trong cộng đồng Báp-tít, dành quyền tự trị cho các hội thánh địa phương trong các lãnh vực như điều hành, tổ chức và thần học. Nhiều hội thánh Báp-tít từ chối đặt mình dưới quyền kiểm soát của bất cứ cấu trúc hành chính nào như hội đồng quốc gia hay bất cứ chức sắc nào như giám mục hay giáo hoàng.

Về tổ chức, việc chọn các viên chức lãnh đạo hội thánh, chấp nhận hoặc bác bỏ một học thuyết, sẽ được quyết định bởi toàn thể thành viên trong hội thánh theo một tiến trình dân chủ. Tuy nhiên, một số đại giáo đoàn (megachurch) chấp nhận một thể chế trao nhiều quyền hạn cho các mục sư, khi ấy các thành viên sẽ không còn nhiều cơ hội tham gia vào các quyết định của hội thánh qua lá phiếu của mình.

Ngay từ đặc tính của mình, vì nhu cầu hợp tác để tồn tại và phát triển, thể chế tự trị giáo đoàn là vườn ươm sản sinh nhiều cấu trúc liên kết các hội thánh địa phương vào các hiệp hội như Liên hiệp Báp-tít Nam phương (Southern Baptist Convention), tổ chức Báp-tít lớn nhất Hoa Kỳ với gần 16 triệu tín hữu. Những hiệp hội này được hình thành nhằm hỗ trợ các công tác như truyền giáo hay các hoạt động từ thiện, nhưng các hiệp hội không có bất kỳ thẩm quyền nào trên các hội thánh địa phương; các hội thánh địa phương tự quyết định cho mình mức độ họ muốn tham gia vào các hiệp hội. Dù đang hiện hữu hàng trăm hiệp hội Baptist, nhiều hội thánh địa phương lại không muốn tham gia vào bất cứ hiệp hội nào.